ツボクサの語源は、二説ある。
ひとつは、花の形が矢を納めておく筒の「靫（うつぼ）」に似ていることから、元は「ウツボクサ」といい、「ウ」が抜け落ちて「ツボクサ」となったため、「壺草」の字が当てられたとする説。
もうひとつは、庭や道端に生えることから、庭草の意味で「坪草」とする説である。
シソ科に「ウツボグサ」があるが、そちらは「ウ」が欠落していないことや、「ツボクサ」が実際に「ウツボクサ」と呼んだ例が見られないため、うつぼ説は難しい。
ツボクサの「ツボ」を「庭（坪）」の意味とする説が有力とされているが、庭や道端に生える草は多くあるにもかかわらず、この草だけ「庭草」とされた理由や、「庭」ではなく「坪」になった理由に疑問が残る。