古名は「ハム」で、室町時代から「ハモ」と呼ばれるようになったが、近世以降も「ハム」の記述は多く見られる。
「ハム」の語源には、鋭い歯で魚を食べることから、「噛む」「食べる」を意味する「はむ（食む）」とする説。
ハモの姿がヘビに似ることから、ヘビやマムシの方言「ハメ」「ハミ」「ハブ」と同源とする説がある。
ハモの特徴や「ハム」に通じる音の面で問題がないため、どちらか一方に絞ることは難しい。
その他、ハモの語源には、鋭い歯に注目した「ハモチ（歯持ち）」説や、鱗がなく肌が見えるようであることから「ハタミユ（肌見）」といった説もあるが、音変化の点で説得力に欠ける。
漢字の「鱧」は、漢音で「レイ」、呉音では「ライ」と読む。
中国の「鱧」は日本の「ハモ」と外見は似るが異なる魚で、「七星魚」とも呼ばれる。