ごぼう抜きの意味は大まかに分けて三種類あるが、棒状のものを抜くことや、排除したり人材を引き抜く意味で用いられる「ごぼう抜き」は、「ごぼうを抜くように」といった形容の意味からと考えられる。
マラソンや駅伝で数人を一気に追い抜く意味で使われる「ごぼう抜き」の語源には、二通りの説がある。
１．ごぼうは他の野菜に比べ細くまっすぐ伸びているため、長い割に容易に抜くことが出来ることから。
２．ごぼうは抜きにくく大変な作業であることから、抜きにくいものを一気に抜く意味。
この二説は全く正反対な語源となり、一般には「１」の説が多くみられる。
実際にごぼうを抜く作業が容易なのか困難なのかだが、これはごぼうの栽培地や品種によって異なる。
砂質壌土や火山灰地であれば容易に抜くことができ、一般の畑の土で育ったごぼうは抜きにくい。
堀川ごぼうのような関西ごぼうは短根で抜きやすく、主流となっている滝野川ごぼうのような関東ごぼうは長根で抜きにくい。
つまり、一般的な栽培地や品種では、ごぼうは抜きにくいものと考えられる。
「１」の説は「実際にそれほど難しいものではない」といったニュアンスを含むため、難しいことを容易にする表現にはならないため、競走などに用いられる「ごぼう抜き」の語源は「２」の説が有力である。