でこぼこの「でこ」は、「おでこ」など出ているものを表す語で、「出る」の意味からと思われる。
でこぼこの「ぼこ」は、くぼみや穴がたくさんあるさまをいう「ぼこぼこ」や、物が凹んだり、穴があいたりするさまの「ぼこっと」があるため擬音語と思われるが、穴があく意味の「ほげる」に由来する説もある。
「でこぼこ」「でこでこ」「ぼこぼこ」が使われるようになったのは明治以降のこと。
江戸時代には「だくぼく」「だくりぼくり」が「でこぼこ」を表す語として広く用いられ、「でくぼく」や「でくまひくま・でこまひこま（凸間凹間）」などの形もあった。