シソは、漢名「紫蘇」の字音に由来する。
中国で「紫蘇」の名が付いた由来には、食中毒で死にかけていた若者にシソの葉を煎じて飲ませたところ、たちまち元気になったことから、「紫の蘇る草」の意味で「紫蘇」といった話がある。
しかし、シソの漢名には「紫蘇」と「蘇」があり、「蘇」のみで「シソ」を表す方が古いため、「紫の蘇る草」ではなく、単に「蘇る草」の意味からであろう。
「蘇」に「紫」が冠されて「紫蘇」になったのは、赤じその葉は両面が赤紫色であることと、一音語は不安定なためである。
「白蘇（ハクソ）」という漢名もあるが、これはシソ科の「エゴマ（荏胡麻）」のことである。
シソは中国原産だが、日本でも古くから薬用として栽培されており、「ノラエ（野荏）」や「ヌカエ（糠荏）」と呼ばれていた。
『和名抄』にも「蘇」の訓に「ノラエ」と「ヌカエ」が挙げられている。