「水に流す」と同様の意味では、元々「水にする」や「水になす」が使われていた。
これらの語は、水に溶けて無くすという、ぼやかした印象があるため、綺麗さっぱりと水で流すように洗い流すという意味から、「水に流す」の形が多く使われるようになったと思われる。
水に流すの語源として、川や海の水で穢れなどを洗い流す儀式の「禊」に由来する説が流布されている。
しかし、「水に流す」より前に「水にする」や「水になす」が使われているため、辻褄が合わない。
また、自分自身を清めることと、相手との関係を綺麗にすることも意味が通じず、「禊」と「水に流す」を関連づける文献も存在しない、全くでたらめな俗説である。