ヒノキは精油を含み、火がつきやすい硬さであるあため、この木の摩擦で火を起こしたことから、「火の木」の意味とする説が多く見られる。
しかし、上代特殊仮名遣いで「火」は乙類、ヒノキの「ヒ」は甲類であるため、妥当とはいえない。
その他、ヒノキは神宮の用材にするところから「霊（ひ）の木」、「日」は太陽を表す最も古い語形で、最高のものを表すところから「日の木」とする説があり、「日」「霊」共に甲類なので、いずれかがヒノキの語源と考えられる。
ヒノキの漢字「檜（「桧」は略字）」は、中国では「イブキビャクシン」を指す。