ごまめは「こまむれ（細群）」の「むれ」が略されたもので、古くは「こまめ」と呼ばれた。
「こ」が「ご」と濁音化されたのは、体が丈夫なことを意味する「まめ（忠実）」に接頭語の「ご（御）」が付いた「ごまめ（御忠実）」に言い寄せたものと思われる。
ごまめは、田植えの肥料にしたり豊作祈願の祝い肴にされたことから、「五万米」や「五真米」と表記することもあるが、漢字は当て字であって語源との関係はない。
現代では、ごまめと田作りが同じものとして扱われているが、本来は、田作りよりやや小さいものを「ごまめ」と呼んでいた。