ユリの語源は、風に吹かれて花がゆらゆらすることから「ユリ（揺り）」の意味のほか、「ヤヘククリネ（八重括根）」の意味、花が傾くことから「ユルミ（緩み）」の意味、鱗茎が寄り重なることから「ヨリ（寄り）」など諸説ある。
この中では、「揺り」の説が定説となっている。
最も古い説では、ユリ属の一般名称である朝鮮語の「nari」が転じたとする説がある。
「揺り」などの日本語に由来する説は「nari」の説よりもかなり遅いことから、「nari」に由来することが忘れられ、日本語に語源を求めたという見方がある反面、音韻変化が不自然との見方もあり、この説が正しいとは言い切れない。
ユリの漢字「百合」は、根が重なり合う様子を表すといわれることから、「ヤヘククリネ（八重括根）」や「ヨリ（寄り）」の説も考えられる。