ムカデの語源は、「百手（ももがて）」「百数多手（ももいかて）」など漢字の「百足」に近い説や、手が向かい合ったように生えていることから「向手（むかいで）」や「対手（むかふて）」が転じたなど諸説ある。
その他、「ム」が「六」、「ガ」が「五十嵐」などの「十」、「デ」が「手」で「六十手（むかで・むがて）」といった説もある。
しかし、大雑把に数の多さを表す場合、「六」という数字は使われにくいため、「六十手」という漢字が用いられていたとしても当て字と考えられる。
漢字の「百足」は中国語表記で、日本に「ムカデ」という語があり、その当て字として用いたものである。
英語では「centipede」と言い、その語源もラテン語で「百本の足」という意味に由来する。
ムカデの足は実際に何本あるかだが、ひとつの体節に一対の足（本数では2倍になる）をもっているため、体節の数によって異なる。
体節が少ないものは十数節程度で、多いものでは170節以上の体節をもつため、百本にまったく届かないムカデもいれば、百本を大幅に超えるムカデも存在することになる。