へなちょこの「へな」は、腰砕けの状態を表す「へなへな」の「へな」で、「ちょこ」は「ちょこまか」など目立たない小さな動作を表す「ちょこ」と考えられる。
漢字で「埴猪口」と表記されることもあり、「埴（へな）」は「粘土」、「猪口」は酒を飲むのに使う小さな杯の「お猪口」のことであるが、「埴」も「猪口」も当て字である。
へなちょこの語源には、明治の新聞記者 野崎左文が、神田明神境内の料亭『開花楼』で酒宴をした際、使ったお猪口が埴で作られた粗末なものだったため、「へなちょこ」と呼んだとする説が多く、野崎左文の『昔の銀座と新橋芸者』には、明らかな経緯も書かれているといわれる。
同じ野崎左文の説では、「変な猪口」から「へなちょこ」になったとする説もある。
しかし、経緯が明らかと言う割に、「へな」の語源が異なっているため信憑性は薄い。
また、曲がったりしなったりするさまの「へなへな」という語は、「埴」とは無関係に江戸時代から使われており、小生意気な者を意味する「猪口才」の語もあることから、この語だけが特別に作られたとは考え難く、当て字に合わせて考えられた説と思われる。