「けちょんけちょん」の語源は和歌山県日高郡の方言である「けちょに」に由来しています。元々は「非常に」という意味で用いられていた「けちょに」が広がるうちに、「けちょんけちょん」と変化し、そのままの語形が現在に残り、新たな意味も獲得しました。同様に、地域によって言葉の変化や発展があり、方言が変わる中で新しい表現が生まれたと考えられます。
また、難癖をつける意味の「けちをつける」の「けち」が語源とされることもありますが、その変遷が考え難いため、元々の「けちょに」が「けちょんけちょん」へと変化する過程で「けち」の連想が含まれた可能性があります。