ネギトロの語源は、「ネギ（葱）」と「トロ」を組み合わせた単純なものである。
しかし、インターネット上では「ねぎ取る」という言葉に由来するという俗説が流布されている。
ネギトロが「ねぎ取る」に由来する説は、建築用語で、建物の基礎などにするため、地盤面以下の土を掘り取ることを「根切り」ということから転じ、身をこそげ取ることを「ねぎ取る」と言った。
マグロからねぎ取る意味で「ネギトロ」と言ったが、野菜の「ネギ」やマグロの「トロ」の意味と誤解されたというものである。
「根切り」という語は存在するが、建築用語から寿司用語、「根切り」から「ねぎ取る」に転じるか疑問である。
そもそも、「ねぎ取る」の語が使用された例は、この説の中でしか見られない。
おそらく、ネギトロ用の中落ちがネット通販されるようになったことで、ネギが入っていなくても「ネギトロ」と呼ぶと勘違いし、雑学の世界で作られたものであろう。
ネギトロ巻きの発祥は、1964年（昭和39年）に、東京浅草の金太楼鮨が提供したものといわれ、金太楼鮨の社長が、浅草で人気だった飲食店の「麦とろ」の名にあやかり、「ネギトロ」と命名したという説もある。
発祥や命名の真偽は定かではないが、金太楼鮨が提供したネギトロ巻きにはネギも入っており、「トロ」の語も一般に広まっていた時代である。
仮に、店の名にあやかった社長の命名であったとしても、「ネギ」と「トロ」の組み合わせだから、「麦とろ」にあやかったと考えるのが自然で、「麦とろ」の店名のみに由来するとは考え難い。