カワウソの歴史的仮名遣いは「カワヲソ」。
「カワ」はそのまま「川」のことだが、「ヲソ」の語源には「恐ろしい」の意味。
人を襲うことから「襲う」の意味。
人を騙すところから「嘘」や「嘯く」に由来するなど、諸説あり未詳。
カワウソには、キツネやタヌキのように人を化かす、河童の原型や川天狗の正体といった言い伝えがあり、昔から、得体の知れない恐ろしい生き物と考えられていた。
そのため、「恐ろしい」の説が有力といわれることもあるが、これらの伝承は「襲う」「嘘」「嘯く」の意味にも通じるため、語源を特定できるものではない。
他には、「食べる」を意味する古語「ヲス（食す）」の異形説もある。
「ウヲヲス（魚食す）」の略転で「ヲソ」と言い、川にいて魚を食うことから「カワヲソ」になったという説だが、「ヲス（食す）」は尊敬語なので考え難い。