目黒の由来には、瀧泉寺の通称「目黒不動尊」に由来する説がある。
寺の通称は不動尊像の目が黒かったことからと言われるが、地名より古い呼称であった確証はなく、後付けの可能性もある。
その他、目黒には多くの説があり、境界地の筋目の盛り土があった所で「メクロ（目畔）」に由来する説。
馬の牧場が多い地域で、馬が逃げ出さないようにした畦道（盛り土）から、「メクロ（馬畔）」に由来する説。
「メ」は「愛でる」、「クロ」は「驪」で「黒い馬」を意味し、優れた黒馬が沢山いたため、「愛驪（めぐろ）」に由来する説。
「メ（谷）・クロ（嶺）」で、目黒川と谷を囲む丘陵地帯に由来する説。
蛇行する川を表した地名で、「メグル（巡）」に由来する説などがある。