魚沼市は、平成16年（2004年）に北魚沼郡の堀之内町、小出町、湯之谷村、広神村、守門村、入広瀬村が合併して誕生した市。
平安中期の『和名抄』に「魚沼郡」で見え、そこから北魚沼、中魚沼、南魚沼に分かれた。
魚沼の由来は、仮小屋の多い原野を意味する「イホノ（庵野）」と考えられている。
奈良時代、この地は開発途上にあり、山林を開き、谷をならして整備するため、あちこちに仮住まいの小屋が建てられたと推測される。
古代では「イホノ」「イオノ」と呼んでいたものが、「イヲヌ」と呼ばれるようになり、「魚沼」の字が当てられた。
その他、魚沼の由来には、アユ、イワナ、ヤマメなど多くの魚が生息し、秋には鮭が遡上する魚野川があることから「魚（イヲ）の川」の意味や、多くの沼があったという説もある。