水仙の原産は地中海沿岸だが、中国を経由して日本へ伝来したため、漢名の「水仙」を音読みして「スイセン」と呼ぶようになった。
室町時代の漢和辞書『下学集』から「水仙」の名が見られる。
漢名の「水仙」は、仙人のように寿命が長く、水辺で育つ清楚な草で「水中の仙人」の意味に由来する。
この命名には、古代中国で偉人などの形容として「水仙」が使われているため、中国古典に由来するとの見方がある。
また、ギリシャ神話では、美少年のナルキッソスが水に映る自分の姿に心酔して水仙になったとしており、中国名はギリシャ神話の影響を受け、中国古典と組み合わせたとも考えられている。