なにとぞは、代名詞の「何」に格助詞の「と」と係助詞「ぞ」が付いた語。
本来、漢字表記するならば「何とぞ」となるが、「とぞ」に「卒」が当てられ「何卒」と表記する。
「卒」の漢字は、「卒業」など、終わる・終えるの意味。「卒倒」や「倉卒」など、急なさま・にわかの意味。「兵卒」や「弱卒」など、下級の兵士の意味で使われるが、助詞としての意味はなく、何卒の「卒」は意味から当てられた漢字ではない。
「卒」の訓読は「おわる」「おえる」、音読は「そつ」か「しゅつ」のため、音からの当て字でもないように思える。
しかし、何卒の「卒」は、「そつ」の「そ」と、「とぞ」の「ぞ」の音が通じるということからか、「そつ」を反転させると「つそ」になり、「とぞ」の音に似ていることから当てられた漢字と考えられている。