菊池の地名は、文武2年（698年）に「鞠智（くくち）城」で見え、平安時代の『倭名類聚抄』にも「菊池」に「久々知（くくち）」の注釈があり、「くくち」が転じて「きくち」になったと考えられる。
「くくち」の由来には「潜地」の意味、柵に囲まれた地で「含地」、高くなった所を表す「クク」に接尾語の「チ」など諸説ある。
「菊池」は平安時代から郡名となるが、近世に「隈府」と改称され、一旦消滅している。
明治22年、この地からやや離れたところで「菊池村」が誕生し、「菊池町」を経て「菊池市」となった。
「菊池村」の命名は、肥後菊池氏にあやかった人名からの命名で、中世にあった「菊池」の地域とも少し離れているため直接関係するものではないが、菊池氏の名は中世の地名に由来する。