万年筆の歴史は、羽根ペンが主流だった1748年、イギリスのヨハン・ジャンセンが考案した金属ペンに始まる。
ただし、ペン軸内部にインクを入れるタイプのものは、1809年にイギリスのフレデリック・バーソロミュー・フォルシュが考案したもので、これが一般に起源といわれる。
この頃から、「fountain pen（泉のペン）」や、「stylographic pen（鉛筆画法のペン）」と呼ばれるようになった。
明治17年（1884年）には、横浜のバンダイン商会が輸入を開始し、丸善などで「針先泉筆」の名で販売され、その直後あたりから「針先泉筆」は「万年筆（萬年筆）」と呼ばれるようになった。
明治18年10月13日の東京横浜新聞には、「一種の筆を発明し名づけて万年筆と云ふ」とある。
この読みが、「まんねんひつ」か「まんねんふで」か不明であるが、明治末期頃までは「まんねんふで」と呼ばれることが多かった。
「針先泉筆」は「fountain pen」と「stylographic pen」の意味を含んだ訳であるが、半永久的に溢れ出るものを「泉のように湧く」と言うことから、「万年筆」は「fountain pen」の訳語と考えられている。
明治17年に日本で初めて国産の万年筆を模作した、大野徳三郎による命名といわれるが定かではない。
販売元である丸善の社員でもあったことから、内田魯庵による命名ともいわれるが、内田魯庵が丸善に入社したのは1901年のことなので、「丸善の社員」という理由に関しては採れない。
丸善の販売担当であった金沢万吉が販売に力を注いだことから、彼の名にちなんだ「万さんの筆」からという説もあるが、「針先泉筆」から始まった名が、これほど短期間で変化するとは考え難い。
明治28年（1895年）には、アメリカのL.E.ウォーターマンが1883年に考案した、毛細管現象を利用した実用的な万年筆が輸入され、それまでのものは「針万年筆」、ウォーターマンのものは「ペン付き万年筆」と呼び分けられた。
やがて、ウォーターマンの万年筆が普及し、呼び分けられることはなくなった。