ヤマメは、女性のようにしなやかな姿で山の川に棲息することから、「山の女」の意味で「ヤマメ（山女）」になったとする説がある。
漢字でも「山女」や「山魚女」と表記するが、魚の漢字は当て字か中国語からの拝借なので、漢字表記に和語の語源をもとめることはできない。
「メ」は魚を示す接尾語と考えられていることから、「山の魚」で「ヤマメ（山魚）」が妥当である。
「メ」の付く魚には、「アイナメ」「アカメ」「イワメ」「ヒラメ」などがある。
ヤマメの別名に「ヤマベ」があるが、これは北海道・東北地方の呼称で、関東で「ヤマベ」はコイ科「オイカワ」の別名で、コイ科の「ヤマベ」は「ヤマメ」と別語源である。
「ヤマメ」を「ヤマベ」と呼ぶようになったのは、姿も発音も似ており区別がつきにくいことからと考えられるが、東北地方は語尾が「べ」になる訛りが多いため、単に「ヤマメ」の転訛とも考えれれる。