桜肉の語源は、馬肉の色が桜色であるから。また、桜の咲く時期の馬肉は、冬の間に草や殻類を沢山食べているため、脂がのって美味しいことからといわれる。
しかし、鮮やかな桜色をしている時間は短く、時間が経ち酸化すると黒っぽい茶褐色になることや、昔は刺身ではなく鍋物として食べられることが多かったため、桜色の説はやや考え難い。
江戸時代には獣肉を食べることが禁じられており、そのままの名前で呼ぶことがはばかられた。
そのため、猪の肉を「牡丹（ぼたん）」、鹿の肉を「紅葉（もみじ）」と呼んでいたように、馬肉にも植物の名前をつけようとしたことが基本としてあったと思われる。
そこに「桜」が選ばれた理由として、切った時の肉の色を関連付け、「桜肉」と呼ぶようになったと考えられる。