ナメクジの「ナメ」は、滑らかに移動する姿から「滑」の意味が有力と考えられ、舐めるように這うことから「舐め」とする説もある。
「クジ（クヂ）」は、ナメクジが植物の上を這った後、えぐられたようになっていることから、「あける」「えぐる」という意味の「くじる」とする説もあるが民間語源で、「クジ」については不明である。
別名に「ナメクジリ」「ナメクジラ」「マメクジリ」「マメクジラ」「ナメラクジ」などがある。
「ナメクジリ」の語形から見ると「くじる」が語源でもおかしくないが、この呼称は民間語源の「くじる」から生まれたという見方が強い。
古くは、カタツムリも「ナメクジ」と呼ばれていたため、カタツムリと区別するため「裸」を冠して「ハダカナメクジ」とも呼ばれた。
現在でも、「裸」を冠した呼称を用いる地域がある。