「ぎゃふん」の語源は、「ぎゃ」と「ふん」の二つの感動詞に由来しています。ここでの「ぎゃ」は驚き叫ぶさまを表し、「ふん」は「ふむ」と同じく承諾を示します。明治時代以降に見られる言葉で、江戸時代には「ぎょふん」と呼ばれていました。「ぎょふん」は「魚粉」や「魚糞」とは異なり、「ぎゃ」も「ぎゃふん」の「ぎゃ」と同様に感動詞です。1837年に大塩平八郎が捕らえられた際、逢坂奉行町田有衛門に向かって「義や噴なり、義や噴なり、悔しきかな」と訴えた言葉が「ぎゃふん」の語源とされる説もありますが、それ以前から同じ意味で「ぎょふん」が使用されていたため、大塩平八郎の言葉が起源とするのは疑わしいと考えられます。