与那国を地元では「ドゥナン」と言うが、石垣島では「ユノ」や「ユノーン」と呼んでおり、「ドゥナン」は「ユノーン」が訛った語と考えられている。
沖縄の砂浜には、オオハマボウの花が咲いており、別名を「ユウナ」ということから、「与那国のヨナ」や「ユノ（ユノーン）」は、オオハマボウの別名「ユウナ」に由来する説がある。
しかし、オオハマボウを「ユウナ」と呼ぶのは、砂や砂が盛り上がった所を意味する「ヨナ」に由来するため、与那国（ユノ・ユノーン）も同じ語源で、砂の盛り上がった所を表す名とも考えられている。
与那国島のような孤島では、普通、雑穀や芋類を主食とするが、米を作って常食していたことから、「米（よな）国」の意味とする説もある。
1531年から1623年にかけて編纂された沖縄の古謡集『おもろさうし』には、与那国が「いなくに」の名で見える。
これが「ヨナ」から変化した語ではなく「稲の国」の意味とすれば、米に由来する名と見て間違いないであろう。