漢字で「甘子」と書くとおり、アマゴの「アマ」は「甘い」の意味とする説の他に、「雨」の意味とする説がある。
アマゴが「甘い魚」とは言い難いが、「甘い」の語源は「うまい」にあるため、「美味い魚」の意味で「甘い」とするならば考えられる。
「雨」を語源とする説は、雨が降り出すと釣れはじめる魚というところからである。
地方によってアマゴは、「アメ」「アメゴ」「アメノウオ（アメノイオ）」などと呼ばれる。また、アマゴには「天魚」の漢字が当てられることもあり、「天」は「雨」に通じることから、「雨」の説がやや有力である。
アマゴの「ゴ」は、「雨後」の意味から「後」とする説もあるが、接尾語の「コ」の濁音化と考えて良いであろう。