漢字の「饅頭」は漢語「饅頭（まんとう）」の借用語で、「頭」を「じゅう」と唐音読みして「まんじゅう」となった。
饅頭の起源は中国にあり、諸葛孔明（しよかつこうめい）が南征した際、川の神に人身御供として人の頭を捧げれば鎮まるという風習を改めるため、羊や豚の肉を小麦粉で作った皮でくるんだものを人頭に見立て、神に捧げたことに由来するといわれる。
当初は、蛮人の頭の意味から「蛮頭（まんとう）」が用いられていたが、祭壇に供えた後、それを食べるようになったことから、「饅」の字が当てられ「饅頭」になった。
中国では饅頭が主食とされ、中に肉や野菜を入れるのが普通で、餡を入れるのは点心のときだけである。
日本でのまんじゅうは、1349年に宋から渡来した林浄因（りんじょういん）が奈良で作った「奈良饅頭」が始まりといわれる。
仏教では肉食が禁じられ、餡を用いたことから、日本では餡が入ったものを指すようになったという。
しかし、室町時代には「菜饅頭（さいまんじゅう）」もあり、主食として粉食が好まれなかったため、菓子として食べる甘いまんじゅうが残ったともいわれる。