ホトトギスの名は「ホトホト」と聞こえる鳴き声からで、「ス」はカラスやウグイスなどの「ス」と同じく、鳥類を表す接尾語と考えられる。
漢字で「時鳥」と表記されることから「時（とき）」と関連付ける説もあるが、ホトトギスの仲間の鳴き声を「ホトホト」と表現した文献も残っているため、鳴き声からと考えるのが妥当であろう。
江戸時代に入ると、ホトトギスの鳴き声は「ホンゾンカケタカ（本尊かけたか）」「ウブユカケタカ（産湯かけたか）」、江戸時代後期には「テッペンカケタカ（天辺かけたか）」などと表現されるようになり、名前が鳴き声に由来することが分かりづらくなった。
「トッキョキョカキョク（特許許可局）」という鳴き声は、戦後から見られる。
ホトトギスには、「杜鵑」「時鳥」「不如帰」「子規」「杜宇」「蜀魂」「田鵑」など多くの漢字表記があり、「卯月鳥（うづきどり）」「早苗鳥（さなえどり）」「魂迎鳥（たまむかえどり）」「死出田長（しでのたおさ）」など異名も多い。