熊本の地名は、南北朝時代に「隈本」として見られ、慶長12年（1607年）、加藤清正が築城した際に「熊本」と改められた。
改められた理由は、「隈」に含まれる「畏」の字に「おそれる」「かしこまる」といった意味があるため、城名として強そうな「熊」の字が当てられたといわれる。
「隈本」の地名は地形に由来すると思われるが、下記のとおり地形由来にも諸説ある。
１．「くま」は低地と高地の入り組んだ地形、「もと」は中心地のこと。
２．「曲本（くまもと）」の意味で、曲がりくねった川（白川）のほとりのこと。
３．「くま」は「崖下」を意味し、「もと」は「湿地」を意味する「むた」が転じた語で、「崖下の湿地」のこと。
「隈」には「折れ曲がったところ」「入り組んだところ」の意味があるため、「１」か「２」の説が有力であるが、「くまもと」の音に「隈本」の字が当てられたとすれば「３」の説も考えられる。
その他、「くま」が「高句麗（朝鮮半島）」を意味する「こま」の訛り、「もと」は「本拠地」のことで、高句麗から渡来した人々の本拠地を意味するといった説もあるが考え難い。
出典：熊本県 – 語源由来辞典