マナガツオの「マナ」の語源は諸説あるが、「食用の魚」を意味した「真魚」の説が有力である。
「マ」は「本当」「真実」を意味する「真」、「ナ」は副食物を意味した「菜（肴）」で、「真魚」は最も価値のある副食物の意味が語源。
つまり、マナガツオは「真にうまい魚（カツオ）」の意味と思われる。
ただし、1597年（慶長2年）刊の『易林本節用集』には、「学鰹 マナガツオ」とある。
「学」が当て字ではなく「まねる」の意味とすれば、カツオが捕れない瀬戸内海でカツオに見立てられたとする「真似鰹（マネガツオ）」の説が有力となる。