ハツカネズミの語源は、妊娠期間が20日程であるからとする説が通説となっているが定かではない。
その他の説には、家ネズミの中でも、ハツカネズミはドブネズミやクマネズミなどに比べて体が小さく、生後20日程度の大きさしかないところからとする説。
同じく体が小さいところから、「わずか（僅か）ネズミ」が転じて「ハツカネズミ」になったもので、「二十日鼠」は当て字とする説。
小形でちょこまかと動き回るところから、「はしかい（捷い）ネズミ」の意味とする説。
ハツカネズミの古称「甘口鼠（あまくちねずみ）」の書き誤りと見誤りをし、「廿日鼠（はつかねずみ）」になったとする説がある。