ふねは、水槽や大きな容器を表す古語「ふね（槽）」からとする説が有力とされている。
浴槽の「湯船」や魚介類などを盛る容器をいう「舟」も、古語の「ふね（槽）」から派生したものである。
ただし、容器を意味する「ふね（槽）」の語源については不明で、乗り物の「ふね（舟）」から容器を表すようになったとも考えられており、前後関係は分かっていない。
その他、「ふね」の語源には、「ね」が接尾語で、「ふ」は水に浮かぶことから「浮」とする説や、帆を張ることから「帆」とする説がある。
漢字の「舟」は、中国の小舟を描いた象形文字。
「船」は「沿」と同系で、流れに沿って下るふねを表す。
一般に、動力を用いる大型のものを「船」、手で漕ぐ小型のものを「舟」と表記する。