ワカサギの「ワカ」は「虫がわく」など「発生する」という意味の「わく（湧く）」で、「サギ」は「多い」意味の擬態語「ザクザク」と同類の語「ザクヰ」で、群れて沢山いることを語源とする説。
ワカサギの「ワカ」は体が細く弱々しいことから「わか（若）」の意味で、「サギ」は「小魚」を表すという説。
体色が夏鳥のアマサギに似ていることから「アマサギ」と呼ばれ、アマサギがいなくなった冬でもいることから、「ワカサギ」と呼ばれるようになったとする説がある。
ワカサギを漢字で「公魚」と書くのは、常陸国の麻生藩が徳川11代将軍 徳川家斉に霞ケ浦産のワカサギを献上していたことから、「公儀御用魚」の意味で当てられたものである。