鵜呑みの語源は、以下の通り二説ある。
ひとつは、鵜飼でも見られる鵜が魚を丸飲みする姿から、食物を噛まずに丸飲みすることを「鵜呑み」と言うようになり、よく理解せずに受け入れることの比喩として用いられるようになったとする説。
もうひとつは、「うんのみ（にする）」という語が変化して「鵜呑み」になったとする説で、「うん」は何でも「うんうん」と肯定して聞いてしまうことが語源と考えられている。
上記のうち、鵜が丸飲みする説が定説となっているが、1603年の『日葡辞書』には「うのみ」と「うんのみ」の両語が見られ、上方では「うんのみ」が一般的であった。
また、「うんのみ」の方が古く、後に鵜が丸飲みする解釈が付けられ、「鵜呑み」の語が成立したとも考えられる。
ただし、「うん」が肯定の「うん」とは断定できず、鵜が丸飲みすることと肯定の「うん」をかけて生まれた可能性もあり、正確な語源は未詳である。