漢字の「女」を分解すると「く」「ノ」「一」になることから、忍者の隠語で「女性」のことを指し、のちに「女忍者」を言うようになった。
一説には、人体には九つの穴（目、耳、鼻、口、へそ、肛門）があり、女性にはもう一つ穴があることからや、元々は陰陽道における房術を示す「九一ノ道」が本義とする説もある。
しかし、九つの穴の説は、穴の定義が曖昧で考え難い。
九一ノ道の説は、「女」の意味に変化するまでの経緯が明らかではなく、くノ一は漢字で「九の一」とも表記することから作られた説と考えられる。
出典：くノ一 – 語源由来辞典