ニシンの語源は、身を二つに裂いて食用にすることから、「二身」の説が有力。
同様の説では、二つに身を割ることから「妊娠」を語源とする説もある。
その他、両親が揃っている者は必ず食べなければならない魚だったため、「両親」つまり「二親」から「ニシン」になったとする説。
アイヌ語で「ニシン」を「ヌーシィ」といったことから、変化して「ニシン」になったとする説もあるが有力とされていない。
また、日本海沿岸で獲れる魚を「西の海の魚」といい、東北地方の訛りで「ニシンウミ」となり、「ニシン」になったとする説がある。
しかし、ニシンはかつて北海道近海や三陸沖で多獲された魚であるため、「日本海沿岸で獲れる魚」「西の海の魚」を語源とすることは不自然である。