納豆の語源は、僧侶が寺院で出納事務を行う「納所（なっしょ）」で作られ、豆を桶や壺に納めて貯蔵したことに由来する説が有力とされている。
「なっ」は呉音「なふ」が転じた「なっ」で、「とう」は漢音「とう」からの和製漢語である。
納豆の語源には、豆腐と間違えたという説もある。
それは、大豆を腐らせて作られた食品を「豆腐」と呼び、四角い容器に納めて作られた食品を「納豆」と呼んでいた。
それが、中国から日本へ伝わった時、日本人が呼び間違えたというものである。
しかし、これは豆腐の「腐（腐る）」と、納豆の「納（納める）」の漢字から想像で作られた俗説である。
また、納豆は発酵食品であり、腐った食品ではない。
中国では納豆が「鼓（し）」と呼ばれ、日本には奈良時代に寺院に伝わり、『和名抄（倭名類聚鈔）』には「鼓（くき）」と記されている。
この「鼓」は「糸引き納豆」とは異なり、現代では「寺納豆」や「浜納豆」などと呼ばれる塩辛く乾燥したものであった。
糸引きの起源も諸説あり、弥生時代に作られた説、聖徳太子、光巌法皇、源義家などが作った、もしくは広めたとする説など様々である。
「納豆」の語が出てくる最初の文献は1051年の『新猿楽記』で、「塩辛納豆」と表記されていることから、この当時すでに「糸引き」が存在し、区別されたと考えられている。
1981年、関西での消費拡大のため、関西納豆工業協同組合が7月10日の語呂合わせで「納豆の日」を作り、1992年には全国納豆工業協同組合連合会があらためて制定したことで、7月10日は全国的に「納豆の日」となった。