佐渡市は、平成16年（2004年）に佐渡島の10市町村が合併して誕生した市で、島名に由来する。
飛鳥期に「佐渡国」で見え、川水が集まる湿地の「沢田」に由来すると考えられている。
佐渡の国は「雑太郡（さはたぐん）」の一群で構成されており、その群内には「雑太郷（さはたごう）」という郷名がある。
この「雑太」は当て字で、原義は「沢田」である。
「さはた（さわた）」に「佐渡」の字が当てられ、「さど」と読むようになったのであろう。
狭い海路の意味で「狭門」「狭処」「狭戸」などに由来する説もあるが、広い日本海に浮かぶ島を表すには適しておらず考え難い。