みかじめ料の語源には、毎月3日にお金を払わせることからや、3日以内に払わなければ締め上げるなど、日数の「三日（みっか）」に関連付け、「三日締め（みっかじめ）料」から「みかじめ料」に転じたとする説がある。
しかし、「みかじめ」は「管理」「監督」「取り締まり」を意味する言葉であり、「みかじめ料」は「守り・取り締まり」に対して支払う料金という名目から生じた言葉なので、日数の「三日」に由来する説は考え難い。
「みかじめ」は上記のような意味で使われ、漢字で「見ヶ〆」と書くことから、「み」が「見張る」「見守る」、「じめ」は「取り締まる」の意味と考えられる。