ネズミの語源には、「あなずみ（穴住み・穴棲み）」の音変化や「根住み・根棲み」の意味など、住む場所を語源とする説が多いが、棲みかは穴や根元だけではないため考え難い。
根之堅州国（黄泉の国のこと）を訪れた大国主命が、危ういところをネズミに助けてもらったという話が『古事記』にあり、上代では「根棲み」と考えられていたとは考慮すべきである。
しかし、ここでの「根」は「根元」ではなく「陰所」を表していることから、棲みかを語源とするならば、「ね（隠れた所）」＋「ずみ（棲み）」とすべきであろう。
ネズミの語源で有力な説は「ぬすみ（盗み）」の転で、人間の周囲にいて食糧を盗む生き物であり、古くは倉庫に鼠返しを立てて侵入を防いでいたことからも考えられる。
盗みに関連する説では、ネズミの多くが夜行性で人間が寝ている間に食料を盗むことから、「ねぬすみ（寝盗み）」とする説もある。
「盗み」が語源であることを証明するものではないが、英語の「mouse」も「盗み」に由来する。