カイツブリの語源には、水を掻いたり水に潜ったりの意味で「掻きつ潜り（カキツムグリ）」が転じたとする説。
水を掻いてひょっこり頭を出すことから、「掻き頭潜り（カキツムグリ）」が転じたとする説。
カイツブリの頭が円くて貝に似ていることから、カイは「貝」、ツブリは「頭（つむり）」とする説。
カイが「たちまち」の意味で、ツブリが水に没する音の「ツブリ」の意味など多くの説がある。
カイツブリは潜水が得意な鳥なので、カイは「掻き」、ツブリは頭の「つむり」や「頭潜り」、水音の「ツブリ」あたりが妥当で、別名に「ムグリ（潜り）」もあることから「掻きつ潜り」の説も考えられる。
漢字の「鸊鷉」は、音読で「へきてい」とも読む。