牡蠣の語源には、掻き落として取ることから「かき」になったとする説。
殻を欠き砕いて取ることから、「かき」になったとする説。
「掻貝（かきかい）」の意味など、牡蠣の殻を取るための動作に由来する説が多く、語源は殻に由来すると考えて良いであろう。
その他、「か」は「貝」、「き」は「着」の意味からとする説もあるが、説得力にとぼしい。
漢字の「牡蠣」は、「蠣」の一字で「かき」を意味する。
しかし、中国ではカキが全てオスと考えられていたため、「牡」の字が付けられ、「牡蠣」になったといわれる。
これは、牡蠣が同一固体に雌雄性が交替に現れる卵生か卵胎生の雌雄同体で、外見上の生殖腺が同じであるため、全てオスに見えたものと考えられる。