大垣は南北朝時代から見られる地名だが、古くは「大柿」と表記されており、暦応3年（1340年）の『大井庄華厳会料名寄帳』には「大柿殿」とある。
大柿は「大きい柿」の意味ではなく、洪水によって土砂がえぐり取られた地で「大欠（おおかき）」の意味。もしくは、「大（おお）」は接頭語、川に侵食された所で「欠（かき）」の意味と考えられている。
「大垣」の表記が見られるのは、応永16年（1409年）の『石包名等名寄散田帳』が古いが、江戸時代に至るまで「大柿」と「大垣」の名が併用されいた。
出典：大垣市 – 語源由来辞典