じゃじゃ馬の「じゃじゃ」は、「嫌じゃ嫌じゃ」の略とする俗説もあるが、やかましい虫の鳴き声や、うるさい声を表す擬声語の「じやじや」が変化した語である。
うるさく、わがままを言うことを「じゃじゃを言う」や「じゃじゃ張る」と言った。
そこから人に慣れない暴れ馬を「じゃじゃ馬」と言うようになり、それを比喩的に人間にも用い、人の言うことを聞かず、好き勝手に振る舞う人も表すようになった。
「じゃじゃ馬」が主に女性に対して用いる言葉となったのは、坪内逍遥がシェイクスピアの『The Taming of the Shrew』を「じゃじゃ馬ならし」と訳したことで、この語が流行したためと考えられている。
「じゃじゃ」は「邪邪」と漢字表記されることもあるが、当て字なので漢字に語源を求めることは意味がない。