よもぎの「よ」は「ますます」を意味する「いや・いよ（弥）」、もしくは「よく（善）」の意味。
「も」は「萌える」か「燃える」の意味で、「ぎ（き）」は茎のある立ち草の意味。
つまり、よもぎの語源は「いよいよ萌え茂った草」か「よく燃える草」の意味からである。
「もぐさ」の語源が「燃え草」にあるため、よもぎの語源も「よく燃える草」の説ととることも出来る。
しかし、自然な状態から考えれば、その旺盛な繁殖力から「いよいよ萌え茂った草」の意味の方が良いであろう。
よもぎは香りが強いことから邪気を祓うものとされ、古く、5月5日の端午の節句にはショウブと共に軒にさしたり、くす玉にした。