ポン酢の名前には、「ポンカン」の「ポン」とは異なり、意味があるわけではありません。実際の語源は、オランダ語の「pons（ポンス）」で、これは柑橘類の果汁を指します。この「ポンス」が変化して「ス」に「酢」が当てられ、最終的に「ポン酢」となりました。
オランダ語の「ポンス」の語源は、ヒンディー語で「５つ」を意味する「panc」に由来します。近世から、「ポンス」は5つのものを混ぜ合わせたという意味で使われ、ブランデーやラム酒にレモン汁や砂糖などを加えて作った飲み物を指すようになりました。この飲み物がレモン汁に関係することから、ポン酢は柑橘類の果汁を指すようになりました。