薬局は、薬剤師が常駐し、薬を調剤する調剤室が併設されている。
薬局では、医師の処方箋に基づいて薬を調剤する医療用薬品と、一般用医薬品（市販薬）のどちらも取り扱うことができる。
薬店は、一般用医薬品は取り扱えるが、薬剤師の常駐や調剤室がなく、医療用薬品を扱うことはできない。
一般用医薬品は、リスクが高いものから順に第一類・第二類・第三類医薬品に分類される。
第一類医薬品を扱う薬店では、薬剤師か業務三年以上の登録販売者を、第二類・第三類医薬品店舗管理者のみを扱う薬店では、薬剤師か登録販売者を店舗管理者として置かなければならない。
また、購入者への対応は、第二類・第三類医薬品は薬剤師か登録販売者でよいが、第一類医薬品の販売には薬剤師が対応しなければならない。
ドラッグストアは、一般用医薬品のほか日用品なども扱うところというイメージが強いが、薬店を英語にしただけで、基本的には薬店と変わらない。
ただし、薬剤師が常駐し、調剤室を併設したドラッグストアも増えてきており、必ずしもドラッグストアが薬店であるとは限らず、薬局として医療用薬品も取り扱える店舗の場合もある。