あぐらの「あ」は「あ（足）」、「ぐら」は「くら（座）」の意味で、インド北部の都市「アグラ」とは関係ない。
「くら（座）」は「高御座（たかみくら）」や「枕（まくら）」の「くら」と同じく、「高く設けられた場所」の意味で、貴族が座る高い座席や腰掛などの道具を「あぐら」と呼んでいたことに由来する。
あぐらが道具から座り方の意味に転じたのは、江戸時代以降である。
古代では「あぐらをかく」「あぐらを組む」を表す言葉として「あぐむ（足組む）」が使われており、この「あぐむ」と混同され座り方の意味になった。
あぐら（道具）の座り方が「あぐむ」であったことも、この混同に影響していると思われる。
現代では「正座」が日本での正しい座り方となっているが、茶道が広まる以前は、あぐらをかいたり片膝を立てた座り方が正しい座り方であった。