みこしは「こし（輿）」に敬意を表す接頭語の「み（御）」を添えた語。
「みくじ」を「おみくじ」と言うように、さらに「お（御）」を付けて「おみこし」とも言う。
みこしの「こし（輿）」の語源は、「越し」の意味と考えられる。
「玉の輿に乗る」という言葉があるように、「輿」は元々、貴人の乗り物を言ったが、平安中期頃から怨霊信仰が盛んになり、神霊を運ぶ物として「みこし」が使われるようになった。
語源からすれば、本来の漢字は「御輿」だが、心霊に伴うものなので「神輿」とも書くようになった。
現代では、多くが祭りの時に担ぐ「みこし」を指すため、「神輿」と書くことが多いが、「御輿」と書いても間違いではない。
ただし、「しんよ」と言う場合は、「神輿」と書く。
天皇の乗る輿を指す場合は、「神輿」ではなく「御輿」と書く。
また、「輿」と「腰」を掛けた「みこしを上げる（立ちあがること）」や「みこしを据える（座りこんで動かないこと）」などの慣用句では、普通「御輿」が使われる。