「あばよ」の語源は、「さらばよ」の略語であり、「また逢はばや（またあはばや）」の変化に由来しています。これに加え、「あは」が感動を示す語で、「よ」が助詞として付け加えられたとする諸説も存在します。
特に注目される語源の一つは、「あんばいよう（按配よう）」の略語であるとされています。「あんばい」は「体調」を指し、近世から使用されています。同様に、「あばよ」も近世から使われる言葉であり、意味と語形の両面から、この説が妥当とされています。
一方で、幼児語の「あばあば」に由来するという説もありますが、大人が使用する「あばよ」の語源としては考えにくいとされています。